Para excluir um boleto sem excluir os lançamentos, acesse o menu Baixas Cobrança > Modulo de cobrança CNAB > Consulta Boleto.
Com a opção Mais filtros, preencha os campos e filtre o boleto desejado. Selecione o boleto em questão e clique em Cancelar Boletos.
Com esse processo, o boleto será excluído, mas os lançamentos da composição do boleto, não.
Os lançamentos poderão ser localizados através menu Baixas/Cobranças > Recibos Boletos. O título estará com o status de não emitido.